Το ΤΕΙ Ιονίων Νήσων ιδρύθηκε με το προεδρικό διάταγμα (ΦΕΚ 156/20-6-2003) και λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 2003-2004. Τα πρώτα τμήματα του ΤΕΙ Ιονίων Νήσων ήταν:

• Εφαρμογών Πληροφορικής στη Διοίκηση και την Οικονομία (έδρα Λευκάδα)
• Τεχνολογίας Βιολογικής Γεωργίας & Τροφίμων (έδρα Αργοστόλι)
• Τεχνολογίας Ήχου και μουσικών Οργάνων (έδρα Ληξούρι)
• Τεχνολογίας Περιβάλλοντος και Οικολογίας (έδρα Ζάκυνθος)

Στη συνέχεια τα ακόλουθα ακαδημαϊκά τμήματα προστέθηκαν τα παρακάτω τμήματα:

Ακαδημαϊκό έτος 2004-2005

• Διοίκησης Επιχειρήσεων (έδρα Ληξούρι)

Ακαδημαϊκό έτος 2005-2006

• Δημοσίων Σχέσεων και Επικοινωνίας (έδρα Αργοστόλι)

Ακαδημαϊκό έτος 2009-2010

• Προστασίας και Συντήρησης Πολιτισμικής Κληρονομιάς (έδρα Ζάκυνθος)
• Τεχνολογίας Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών (έδρα Λευκάδα)