Μέχρι την έναρξη της αυτοδύναμης λειτουργίας του, η διοίκηση και διαχείριση του ΤΕΙ Ιονίων Νήσων ασκείται από εννεαμελή Διοικούσα Επιτροπή (Δ.Ε). Η Διοικούσα επιτροπή συγκροτείται ως ακολούθως:

Πρόεδρος: Μαραβέγιας Ναπολέων, Καθηγητής του Πανεπιστημίου Αθηνών
Αντιπρόεδρος Α: Σούλης Σωτήριος, Καθηγητής του ΤΕΙ Αθήνας
Αντιπρόεδρος Β: Δραγώνας Ιωάννης, Αναπληρωτής Καθηγητής του ΤΕΙ Αθήνας

Μέλη:

• Μαλισσιόβας Νικόλαος, Καθηγητής του ΤΕΙ Ηπείρου
• Τσακαρέστου Μπέττυ, Επίκουρη Καθηγήτρια του Παντείου Πανεπιστημίου Αθηνών
  
• Εσπιαλίδης Νικόλαος, Μηχανικός Ήχου και Διευθυντής Κέντρου Ηχογραφήσεων Μεγάρου Μουσικής
  
• Παναγιάρης Γεώργιος, Καθηγητής του ΤΕΙ Αθήνας
  
• Σιανούδης Ιωάννης, Καθηγητής του ΤΕΙ Αθήνας
• Χάλαρης Ιωάννης, Καθηγητής του ΤΕΙ Αθήνας