Μέχρι την έναρξη της αυτοδύναμης λειτουργίας του, η διοίκηση και διαχείριση του ΤΕΙ Ιονίων Νήσων ασκείται από εννεαμελή Διοικούσα Επιτροπή (Δ.Ε). Η τελευταία Διοικούσα επιτροπή ορίστηκε με το ΦΕΚ 1302/15-9-2005, τροποποιήθηκε με τα ΦΕΚ 161/26-5-2006, 181/24-4-2008, 538/30-12-2008 και συγκροτείται ως ακολούθως:

Πρόεδρος: Καλκάνης Γεώργιος, Ομ. Καθηγητής ΤΕΙ Αθήνας
Αντιπρόεδρος Α: Σερελέα Γαρυφαλλιά, Καθηγήτρια ΤΕΙ Πειραιά
Αντιπρόεδρος Β: Κοσσίδας Απόστολος, Καθηγητής ΤΕΙ Πειαριά

Μέλη:

• Αλιβιζάτος Αθανάσιος, Τακτικός Ερευνητής Α
• Αρσένος Παναγιώτης, Αναπλ. Καθηγητής ΤΕΙ Ιονίων Νήσων
• Καζαντζής Παναγιώτης, Αναπλ. Καθηγητής Πανεπιστημίου Πάτρας
• Καλδής Παναγιώτης, ΕΕΔΙΠ Γεωπονικού Παν/μίου Αθήνας,
• Μουζάλα Ελένη, Μουσικός, Πρόεδρος αποφοίτων Εθνικού Ωδείου
• Στραγαλινός Θεοδόσιος, Επίκουρος Καθηγητής Παιδαγωγικών Επιστημόνων